Начало 2000-х годов стало временем частичного восстановления отечественной промышленности и науки. Выпускники кафедры, ранее часто вынужденные работать не по специальности, снова стали востребованными на предприятиях. Многие из них к настоящему времени занимают лидирующие позиции в промышленности и бизнесе.
С другой стороны, развал отраслевых институтов и нехватка в промышленности средств на разработку новых гидромашин и гидроприводов привел к росту числа заказов по НИР и на кафедре. Несмотря на потери предыдущего десятилетия, кафедра смогла в целом сохранить свой научный и учебный потенциал.
После И.С. Шумилова, перешедшего на должность профессора кафедры, в 2009 году заведующим кафедрой становится доцент С.Е. Семенов. Этот период работы кафедры был ознаменован переходом на систему подготовки бакалавр+магистр, что заставило переработать все учебные планы и программы, а также значительным обновлением профессорско-преподавательского состава.